เชื่อกันว่า ลัทธิการบูชาพระคเณศนั้น น่าจะมาจากชนพื้นเมืองดั้งเดิมของอินเดีย ซึ่งเป็นลัทธิการบูชาสัตว์ หรือลัทธิแห่งชัยชนะเหนือธรรมชาติ ชนพื้นเมืองของอินเดีย เชื่อกันว่าหนูเป็นสัญลักษณ์ของความมืด พระคเณศทรงขี่หนูจึงหมายถึงชัยชนะของแสงอาทิตย์ที่ขจัดความมืดให้สิ้นสุดลง พระคเณศอาจจะมีต้นกำเนิดมาจากการเป็นเทพประจำเผ่าของคนป่า ที่อาศัยอยู่ในป่าเขาอันกว้างใหญ่ของอินเดีย คนเหล่านี้ต้องเผชิญกับฝูงช้างอันน่ากลัวจึงเกิดการเคารพในรูปของช้าง เพื่อให้ปกป้องคุ้มครองและพัฒนาต่อมาเป็นเทพชั้นสูงของชาวอารยันต่อมาได้พัฒนาเป็นเทพผู้ขจัดซึ่งอุปสรรค มีความเฉลียวฉลาดเป็นเลิศ ทั้งยังได้รับการยกย่องให้เป็นหัวหน้าของเทพที่มีเศียรเป็นสัตว์ทั้งหลาย จนกระทั่งมีการรจนาปกรณ์ให้เป็นโอรสของพระศิวะเทพและพระนางปราวตีในเวลาต่อมาแต่ในแง่ของคัมภีร์ทางศาสนาพราหมณ์ได้บรรยายจุดกำเนิดของพระคเณศไว้หลากหลายตำนานตามความเชื่อในแต่ละลัทธิ พอจะสรุปเป็นหลักๆได้ดังนี้
ตำนานที่ 1. พิฆเนศวรปราบอสูรและรากษส
อสูรและรากษสได้ทำการบวงสรวงพระศิวะจนได้คำพรจากพระศิวะหลายประการ ยังให้เหล่าอสูรกลุ่มนี้ฮึกเหิมก่อความเดือดร้อนเป็นอันมาก พระอินทร์จึงทรงนำเทวดาทั้งหลายไปเข้าเฝ้าอ้อนวอนต่อพระศิวะ ขอให้พระองค์สร้างเทพแห่งความขัดข้องขึ้น เพื่อขัดขวางความพยายามของอสูรและรากษส พระองค์จึงทรงแบ่งส่วนกายหนึ่งให้เกิดบุรุษร่างงามจากครรภ์ของพระนางปราวตีและตั้งพระนามว่าวิฆเนศวร เพื่อทำหน้าที่ขวางทางอสูร รากษส และคนชั่วมิให้ทำการบัดพลีเพื่อขอพรจากพระศิวะ ทั้งยังเป็นผู้เปิดทางอำนวยความสะดวกต่อเทวดาและคนดีเพื่อเป็นหนทางสู่ความสำเร็จ
ตำนานที่ 2. ปราวตีนำเหงื่อไคลปั้นเป็นลูก
ครั้งหนึ่ง ชยาและวิชยา พระสหายของนางปราวตีได้แนะนำว่าปกติพระนางมักจะต้องใช้บริวารของพระศิวะอยู่เป็นประจำ ถ้าหากพระนางจะมีบริวารเป็นของตนเองก็คงจะดีไม่น้อย พระนางเห็นด้วย จนวันหนึ่งขณะที่ทรงสรงน้ำอยู่ตามลำพังก็ทรงนึกถึงคำพูดของพระสหายจึงได้นำเอาเหงื่อไคลออกมาสร้างบุรุษรูปงาม สั่งให้ไปยืนเฝ้าทวาร มิให้ใครเข้ามาโดยไม่ได้รับอนุญาต เป็นอย่างนี้มาหลายเพลา จนวันหนึ่งพระศิวะได้เสด็จมา ฝ่ายลูกก็ป้องกันแข็งขัน โดยไม่รู้ว่านั่นคือพ่อพระศิวะโกรธก็เลยสั่งให้ภูติและคณะของตนเข้าสังหารทวารบาลพระองค์นั้น บ้างก็ว่าพระศิวะพุ่งตรีศูลตัดเศียรลูก บ้างก็ว่าพระวิษณุเทพที่มาช่วยรบนั้นใช้จักรตัดเศียร ความทราบถึงพระนางปราวตีจึงเกิดศึกใหญ่ระหว่างเทพและเทพีขึ้นบนสวรรค์ฝ่ายฤาษีนารอดอดรนทนไม่ได้ จึงได้เป็นทูตสันติภาพขอเจรจากับนางปราวตีเพื่อสงบศึก นางบอกว่าจะสงบศึกก็ต่อเมื่อลูกของนางฟื้นเท่านั้น
พระศิวะจึงสั่งให้เทวดาเดินทางไปทิศเหนือ ให้เอาศีรษะของสิ่งมีชีวิตสิ่งแรกที่พบมาต่อกับโอรสของนางปราวตี ปรากฏว่าเทวดาได้เศียรของช้างซึ่งมีงาเพียงข้างเดียวมา เมื่อพระคเณศฟื้นขึ้นมา ทราบความจริงว่า พระศิวะคือพระบิดาก็ตรงเข้าไปขอโทษเพราะรู้เท่าไม่ถึงการณ์ พระศิวะพอใจมากประสาทพรให้พระคเณศมีอำนาจเหนือภูติผีทั้งหลายและทรงแต่งตั้งให้เป็นคณปติ
ตำนานที่ 3. ขวางทางคนชั่วไปเทวาลัยโสมนาถและโสมีศวร
พระนางปราวตีทรงเอาน้ำมันที่ใช้ในการสรงน้ำมาผสมกับเหงื่อไคลปั้นเป็นรูปคนแต่มีเศียรเป็นช้างจากนั้นได้เอาน้ำจากพระคงคาปะพรมให้มีชีวิตขึ้น เพื่อทำการขัดขวางแก่คนชั่วที่จะไปบูชาศิวะลึงค์ที่เทวาลัยโสมนาถและเทวาลัยโสมีศวรเพราะคนเหล่านี้หวังจะไปล้างบาปเพื่อมิให้ตกนรกทั้งเจ็ดขุม ด้วยเหตุนี้ การที่วันคเณศจาตุรถี นิยมเอารูปปั้นพระคเณศมาจุ่มน้ำหรือนำเทวรูปปูนชิ้นเล็ก ๆมาทิ้งตามแม่น้ำคงคา ชะรอยจะมาจากความเชื่อที่ว่าน้ำจากแม่พระคงคาจะทำให้พระคเณศมีชีวิตขึ้นมานั่นเอง
ตำนานที่ 4. พระคเณศ กฤษณะอวตาร
พระนางปราวตีมเหสีของพระศิวะไม่มีโอรส พระศิวะจึงทรงแนะนำให้พระนางทำพิธีปันยากพรต (พิธีบูชาพระวิษณุเทพ ในวันขึ้น 13 ค่ำเดือนมาฆะ) มีระยะเวลากำหนด 1 ปีเต็มและเมื่อครบกำหนด พระนางจะได้โอรสซึ่งเป็นพระกฤษณะอวตารไปจุติ ซึ่งทุกอย่างเป็นไปตามคำตรัสของพระศิวะ ทวยเทพทั้งหลายมาร่วมอวยพรในกลุ่มเทพเหล่านี้มีพระศนิ (พระเสาร์) รวมอยู่ด้วย เมื่อพระศนิเหลือบมองพระกุมารทันใดนั้นเศียรกุมารก็ขาดจากพระศอกระเด็นไปยังโคโลกซึ่งเป็นวิมานของพระกฤษณะพระวิษณุจึงเสด็จไปยังแม่น้ำบุษปุภัทรเห็นช้างนอนหัวไปทางทิศเหนือจึงตัดเศียรช้างกลับมาต่อให้กับเศียรกุมารที่หายไป ตำนานนี้เข้าใจว่าเป็นเรื่องที่สร้างโดยกลุ่มที่นับถือพระกฤษณะเป็นใหญ่
ตำนานที่ 5. ศิวะ-อุมาแปลงกายเป็นช้างเข้าสมสู่
ครั้งหนึ่งพระศิวะและพระนางปราวตีได้เสด็จมายังแถบภูเขาหิมาลัยได้เห็นช้างสมสู่กันก็บังเกิดความใคร่ พระศิวะจึงได้แปลงเป็นช้างพลาย ส่วนนางปาราวตีแปลงกายเป็นช้างพังร่วมสโมสรจนมีลูกเป็นพระคเณศ
พระคเณศ นั้นเป็นโอรสของพระศิวะ กับ พระอุมา และ เป็นพี่น้องกับสกันทกุมาร (ขันธกุมาร) ซึ่งประวัตินั้นค่อนข้างแปลกๆ พอๆ กันของเทวบุตรทั้ง 2 องค์นี้ โดยพระคเณศจะมีคุณลักษณะแห่งความเป็นนักปราชญ์ ส่วนสกันทกุมารจะมีคุณลักษณะแห่งความห้าวหาญ ตรงไปตรงมาแบบทหาร
ประวัติการกำเนิดของพระคเณศนั้นก็มีความแตกต่างกันตามปุราณะ ซึ่งกล่าวแตกต่างตามแต่ละคัมภีร์ อาทิเช่น พระคเณศนั้นถือกำเนิดมาจากความปรารถนาของพระอุมา เมื่อครั้นพระศิวะเจ้าเสด็จไปทำสมาธิจิตที่เขาไกรลาสเป็นเวลานาน เนื่องด้วยพระลักษมี (บ้างว่าเป็นเทพนารีองค์อื่น) ได้เสด็จมาเข้าเฝ้าเยี่ยมเยียนพระอุมา และ ได้กล่าวกับพระอุมาว่าเมื่อคราวมหาเทพศิวะไม่อยู่กับพระองค์นั้น พระองค์ก็เปรียบดั่งสตรีที่ไม่มีบุรุษปกปักรักษาป้องกันในเวลาปฎิบัติกิจส่วนพระองค์
ฉะนั้นพระอุมาจึงควรสร้างเทวบุตรขึ้นมาเพื่อปกป้อง และ คอยเฝ้าคุ้มกันเมื่อพระอุมาปฏิบัติกิจ เมื่อพระอุมาเห็นด้วยกับความคิดของพระลักษมี จึงได้ใช้ฤทธิ์แห่งศักติ ลูบพระวรกายแบ่งภาคออกเป็นทารกที่อ้วนท้วมสมบูรณ์ เปี่ยมไปด้วยกำลังวังชา และ เติบโตอย่างรวดเร็วเมื่อครั้นเวลาผ่านไป พระศิวะออกจากสมาบัติก็เสด็จกลับมาหาพระอุมา เมื่อถึงหน้าทวารทางเข้าก็ได้พบกับเด็กคนหนึ่งมายืนขวางทาง ไม่ให้พระศิวะเข้าไปข้างในเนื่องจากไม่มีคำสั่งจากพระมารดา จึงทำให้พระศิวะทรงพิโรธมาก ตรัสสั่งให้นันทิ และ เหล่าเหล่าบริวารเข้าต่อกรกับพระคเณศ
แต่ทั้งนันทิและเหล่าบริวารทั้งหลายก็พ่ายแพ้พระคเณศอย่างง่ายดาย พระนารายณ์ พระพรหมา และ เหล่าเทวดาต่างก็เสด็จมาช่วยพระศิวะต่อกรกับพระคเณศ แต่ก็ต้องพ่ายแพ้กลับไป จนพระนารายณ์ทูลให้พระศิวะทรงใช้ตรีศูลเพื่อสังหารพระคเณศเสีย พระศิวะจึงได้ฟังพระวิษณุตรัสดังนั้นก็ทรงปฏิบัติตาม โดยพุ่งตรีศูลไปตัดเศียรพระคเณศขาดกระเด็นมอดไหม้ไป เสียงแห่งการสังหารพระคเณศนั้นดังกึกก้องไปทั้งสรวงสรรค์ ทำให้พระอุมาตกใจว่าเกิดเรื่องอะไรขึ้น จึงเสด็จออกมาดู เมื่อมาเห็นเทวบุตรคเณศอยู่ในสภาพไร้เศียร ก็พิโรธด้วยอำนาจแห่งศักติจนสั่นสะเทือนไปสามโลก ว่าทำไมเหล่าเทวาจึงต้องมารุมทำร้ายเด็กน้อย ไร้เดียงสา และ สังหารกุมารคเณศของพระองค์ด้วย ด้วยความโกรธแห่งพระศักติผู้เป็นบารมีอำนาจของจักรวาล
พระอุมาได้แบ่งภาคออกเป็นพันๆ ภาคเพื่อจะสังหารเหล่าเทวดาทั้งหลาย และ ทำลายจักรวาลให้สูญสิ้นไป โดยแบ่งภาคเป็นภาคต่างๆ เช่น สตี , ปรรพตี , กาลี , ทุรคา , โครี , จัณฑี , ชคันมาตา , จัฑิกา , ไภรพี , สยามา ฯลฯ ทำให้สั่นสะเทือนปานจักรวาลจะล่มสลาย พื้นโลก สวรรค์ บาดาล นรก เริ่มแตกร้าว เหล่าเทวดาพากันหวาดกลัวไปตามๆ กันเพราะอิทธิฤทธิ์แห่งมารดาจักรวาลนั้นมหาศาลนัก เมื่อพระองค์ทรงเป็นโยนีผู้ให้กำเนิดจักรวาลอันความพิโรธโกรธกริ้วของพระอุมาย่อมทำลายจักรวาลลงได้ภายในพริบตา เมื่อพระนารายณ์เห็นเช่นนั้นจึงทรง เข้าไปขอขมาพระอุมา โดยทูลว่าการกระทำในครั้งนี้เหล่ามหาเทพ และ เทวดาทั้งหลายนั้นไม่ทราบมาก่อนจริงๆ ว่าพระคเณศคือเทวบุตรอันถือกำเนิดจากทิพย์ศิวา ศักติของพระอุมา ที่ทำไปเช่นนั้นก็เพื่อช่วยในการรักษาเกียรติแห่งพระศิวะเจ้า
พระอุมาก็ยังหาความคลายพิโรธลงเท่าใดไม่ แต่ก็ตรัสกับมหาเทพทั้ง 3 และเหล่าเทวดาว่าให้คืนชีวิตและเศียรให้แก่เทวบุตรของพระองค์ในทันที พระเป็นเจ้าทั้งสามก็รับปากจะคืนให้ แต่ติดที่ว่าฤทธิ์แห่งตรีศูลพระศิวะทำให้เศียรของพระคเณศนั้นมลายหายไป แล้วนี่พระอุมายังยื่นคำขาดอีกว่าถ้าเทวบุตรไม่กลับคืนชีพ พร้อมมีเศียร พระอุมาก็เหมือนคนหมดทุกสิ้นทุกอย่างแล้วในจักรวาล เพราะความหวังและสิ่งที่รักยิ่งของมารดาทั้งหลายคือบุตร ฉะนั้นก่อนพระอาทิตย์อัสดงคตให้หาเศียรมาต่อให้พระคเณศให้จงได้ มิฉะนั้นพระอุมาจะทำลายจักรวาลทั้งปวงให้สิ้นไป
เหล่าเทวดาต่างจนปัญญาที่จะหาเศียรมาต่อให้พระคเณศ ด้วยจะฆ่าสิ่งมีชีวิตเพื่อเอาเศียรมาต่อให้พระคเณศก็ไม่เป็นการสมควรที่เหล่าเทวดาจะกระทำกัน พระนารายณ์จึงตรัสข้อเสนอว่าอันพระเวทเปรียบกล่าวไว้ ว่าสิ่งมีชีวิตใดเมื่อเวลานอนแล้วหันศีรษะไปทางทิศตะวันตกก็เปรียบดั่งเสียชีวิตแล้ว ฉะนั้นให้เหล่าเทวดา แยกย้ายกันไปหาสัตว์ที่นอนหันหัวไปทางทิศตะวันตก เมื่อเหล่าเทวาได้รับบัญชาแล้วก็รีบแยกย้ายกันออกค้นหาเหล่าเทวดาต่างก็รีบหากันตั้งแต่เช้าจน พระอาทิตย์จะตกดินแล้วก็ไม่พบอย่างที่พระนารายณ์ตรัสไว้ จนเกือบถึงเส้นยาแดงผ่าแปด ก็มาพบช้าเผือกเชือกหนึ่งนอนหันหัวไปทางทิศตะวันตกพอดี จึงตรงเข้าไปตัดหัวของช้างเผือกนั้นเพื่อนำมาต่อให้พระคเณศ
เมื่อพระศิวะทรงต่อเศียรให้พระคเณศ และ ชุบชีวิตให้แล้ว พระคเณศก็กลับมามีชีวิตดังเดิมทำให้พระอุมาหายพิโรธ โดยพระศิวะกล่าวว่าอันเศียรช้างที่หามาได้นี้หาใช่ช้างธรรมดาอันที่จริงคือ ปางหนึ่งของช้างเอราวัณที่ถูกสาปให้ไปเกิดเป็นช้างเผือกในโลกมนุษย์ เมื่อใดถูกตัดเศียรแล้วก็จะพ้นคำสาปและกลับคืนสู่อินทราโลก ฉะนั้นเศียรที่ได้มานี้จึงประเสริฐเปี่ยมไปด้วยกำลัง และ สติปัญญา และเมื่อเป็นการไถ่ความผิด เหล่าเทวดาก็ต่างให้พรพระคเณศต่างๆ นานา โดยพระศิวะให้พรว่าขอให้พระคเณศจงอยู่เหนืออุปสรรคทั้งปวง เป็นเทพเจ้าแห่งความสมดุล และ ความสำเร็จสมปรารถนาทั้งปวง พระนารายณ์ให้พรว่าขอให้เป็นเทพเจ้าแห่งปัญญา และ การรจนาคัมภีร์ความรู้ทั้งปวง
พระพรหมาก็ให้เช่นกันโดยให้ว่าอันผู้ใดจะประกอบการมงคลใดๆ ก็ตามแต่จะต้องท่องมนตร์ โอม อันเป็นเครื่องหมายอมตะแห่งพระคเณศ และ กล่าวบูชาอัญเชิญพระคเณศมาเป็นเทพองค์แรกในการประกอบมงคลทั้งหลายทั้งปวง โดยพระคเณศจะเป็นใหญ่เหนือคณะเทพเจ้าทั้งปวง นี่ก็คือประวัติพระคเณศ และยังมีข้อแตกต่างกันเกี่ยวกับเรื่องนี้อยู่บ้างในหลายคัมภีร์ บ้างก็ว่าพระนารายณ์เป็นผู้ตัด ด้วยวาจาสิทธิ์ เมื่อครั้นพระศิวะมีเทวโองการเชิญพระนารายณ์มาโสกันต์ (โกนผมไฟ) พระคเณศ แต่เนื่องจากพระนารายณ์เพิ่งเหนื่อยกลับมาจากการปราบอสูร จึงทำให้เพลียแล้วทรงบรรทมเหนือไวกูณฑ์พอมีเทวโองการประโคมสังข์มาด้วยความงัวเงีย ก็บ่นพึมพรำออกมาว่า " ลูกหัวหายเราจะหลับให้สบายเสียสักหน่อยก็ไม่ได้ " ด้วยวาจาสิทธิ์เศียรพระคเณศก็หายไปในพริบตา บ้างก็ว่าเศียรขาดเนื่องจากพระศนิ ( พระเสาร์ ) เพราะพระเสาร์เคยถูกภรรยาสาปให้ห้ามมองใบหน้าใครได้เพราะพระศนินั้นช่วงหนึ่งเคยแต่เฝ้าภาวนา ถึงแต่พระนารายณ์ไม่เอาใจใส่ในนาง จึงสาปพระศนิว่าถ้ามองผู้ใดผู้ที่ถูกมองจะเกิดอัปมงคล หรือ หัวขาดหายไป
ครั้นพระศนิมาร่วมในงานโกนผมไฟ พระศนิได้แต่ก้มหน้าไม่กล้ายลโฉมพระคเณศ ทำให้พระศิวะทรงกริ้ว หาว่าพระศนิทรงดูหมิ่นโอรส พระศนิไม่ทราบว่าจะขัดพระบัญชา ได้อย่างไรจึงจำต้องมองไปที่หน้าพระคเณศ ด้วยฤทธิ์แห่งคำสาปเศียรพระคเณศก็ขาดหายไปในพริบตา ส่วนเรื่องการต่อเศียรพระคเณศนั้นก็คล้ายๆ กัน แต่มีแทรกเกี่ยวกับตอนของพระศนิว่า เมื่อมองเศียรพระคเณศแล้วเศียรขาด ด้วยความพิโรธพระศนิ พระอุมาเลยทราบพระศนิว่าให้เป็นบาปเคราะห์ เมื่อใดพระศนิเสด็จโคจรเข้าเรือนชนมจันทร์ใครเมื่อใด (ชนมจันทร์ คือ เรือนที่พระจันทร์ในดวงกำเนิดสถิตอยู่ ซึ่งมีคุณภาพเท่าลัคนา หรือ ถ้าพระจันทร์มีกำลังมากกว่าจะถือว่าเรือนที่พระจันทร์สถิตเป็นลัคนาเลยก็ได้) โทษทุกข์จะเกิดขึ้นกินเวลา 7ปีครึ่งมนุษย์จะรังเกียจภัยนี้ และจะให้พระศนิถูกประณามเป็นดาวเคราะห์แห่งทุกข์โทษ แต่เมื่อพระศนิหาเศียรมาต่อให้พระคเณศได้แล้ว
พระศนิขอให้พระอุมาประทานอภัยถอนคำสาปแช่งให้ตน แต่พระอุมาตรัสว่าคำสาปนั้นเป็นวาจาสิทธิ์จึงไม่สามารถถอนได้ แต่จะให้พรแก้แก่พระศนิว่า เมื่อมนุษย์ผู้ใดอดทน และ ใช้สติปัญญาฟันผ่าช่วงที่พระศนิเยือนเรือน 7 ปีครึ่งได้ผู้นั้นจะได้พรอันประเสริฐจากพระศนิ ให้เป็นผู้พัฒนาและเข้มแข็งขึ้น เป็นผู้ใหญ่ขึ้นเข้าใจสัจธรรมแห่งโลกมากขึ้นแล้วผู้มีปัญญาจะเข้าใจในวิถีแห่งพระศนิเอง เรื่องนี้ก็มีกล่าวในตำราโหราศาสตร์เช่นกันเมื่อ ดาวเสาร์เคลื่อนตัวเข้าสู่เรือนที่ 12 , 01 , 02 นับจากที่พระจันทร์กำเนิดสถิต ซึ่งเรียกว่า เสต-สาติ (ของโหราศาสตร์ภารตะ) ว่าให้โทษร้ายถึง 7 ปีครึ่งนี่เป็นบทหนึ่งที่ว่านิทานโบราณสอดแทรกวิชาโหราศาสตร์ไว้ด้วย
